O Conselho Gestor é um órgão colegiado fundamental para a gestão democrática das Unidades de Conservação (UC). Sua missão é integrar a administração pública e a sociedade civil para que a gestão da área seja transparente e participativa. Assim, os Conselhos= Gestor de UC têm a competência de incentivar e acompanhar o plano de manejo da UC, compatibilizar os interesses dos diversos segmentos sociais relacionados com a unidade e seu entorno, zelar pela transparência da gestão e tomada de decisões que afetem a UC, analisar e manifestar-se sobre obras ou atividades potencialmente causadoras de impactos na respectiva UC sua zona de entorno, entre outros.
Todos os parques, como unidade de conservação do grupo de Proteção Integral, devem ter um Conselho Gestor. O Conselho deve ser presidido pelo órgão responsável por sua administração (neste caso, o Imasul) e constituído por representantes de órgãos públicos, de organizações da sociedade civil, e das populações tradicionais residentes, caso ainda não tenham sido indenizadas e realocadas.
Um da Secretaria de Estado responsável pela política de meio ambiente em Mato Grosso do Sul;
Um do Instituto de Meio Ambiente de Mato Grosso do Sul (IMASUL);
Um do Poder Executivo do Município de Alcinópolis;
Um do Poder Executivo do Município de Costa Rica;
Um do 15º Batalhão de Polícia Militar Ambiental;
Um do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade, integrante da Gerência do PARNA EMAS;
Um do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA);
Um do Corpo de Bombeiros Militar (CBMMS);
Um dos condutores, monitores e guias de turismo, atuantes no PENT e na sua Zona de Amortecimento;
Um do Sindicato Rural de Alcinópolis;
Um do Sindicato Rural de Costa Rica;
Um do setor empresarial de turismo;
Dois da população do entorno do PENT;
Um da comunidade científica com atuação no PENT.