I – propor planos, programas e projetos para utilização dos recursos hídricos da respectiva bacia hidrográfica;
II – decidir conflitos entre usuários, atuando como primeira instância de decisão;
III – deliberar sobre formalização de projetos de aproveitamento dos recursos hídricos;
IV – promover o debate das questões relacionadas a recursos hídricos e articular a atuação das entidades intervenientes;
V – aprovar o Plano dos recursos hídricos da bacia e acompanhar a sua execução;
VI – propor ao Conselho Estadual dos Recursos Hídricos as acumulações, derivações, captações e lançamento de pouca expressão, para efeito de isenção da obrigatoriedade de outorga de direitos de uso dos recursos hídricos, de acordo com o domínio destes;
VII – estabelecer os mecanismos de cobrança pelo uso dos recursos hídricos e sugerir os valores a serem cobrados;
VIII – estabelecer critérios e promover o rateio de custo das obras de uso múltiplo, de interesse comum e coletivo;
IX – aprovar o orçamento anual da Agência de Águas, na área de sua atuação e com observância da legislação e das normas aplicáveis;
X – aprovar a criação de Subcomitês de Bacias Hidrográficas de sua área de atuação, a partir de proposta de usuário e de entidades civis, podendo ainda, quando julgar conveniente e indispensável, constituir unidades especializadas de trabalho ou de serviços, bem como câmaras técnicas cujas atribuições, composição e funcionamento serão definidas em ato de criação;
XI – estimular a formação de consórcios intermunicipais e de associações de usuários na área de atuação da bacia, bem como prestigiar ações e atividades de instituições de ensino e pesquisa e de organizações não-governamentais que atuem em defesa do meio ambiente e dos recursos hídricos na bacia;
XII – sugerir a celebração de convênios, acordos e contratos com órgãos e entidades públicas ou privadas nacionais ou internacionais;
XIII – contribuir com sugestões e alternativas para a aplicação de parcela regional dos recursos arrecadados pelo Fundo Estadual dos Recursos Hídricos;
XIV – exercer outras ações, atividades e funções estabelecidas em lei, regulamento e decisão do Conselho Estadual dos recursos hídricos compatíveis com a gestão integrada dos recursos hídricos.
Os Comitês de Bacia Hidrográfica terão suas composições e atribuições definidas em regimento aprovado pelo Conselho Estadual dos Recursos Hídricos, garantida a participação paritária de representantes da sociedade civil e dos usuários, além de representantes da Fundação Nacional do Índio – FUNAI, e das comunidades indígenas residentes naqueles comitês cujo território abranja terras indígenas.