À Diretoria de Licenciamento, subordinada diretamente à Diretoria da Presidência, compete:
I – dirigir e orientar o gerenciamento do licenciamento ambiental dos empreendimentos e atividades efetivas ou potencialmente poluidoras industriais e não-industriais;
II – dirigir e orientar o gerenciamento do licenciamento das atividades de exploração dos recursos florestais e seus usos, bem como de conversão para uso alternativo do solo por supressão vegetal;
III – dirigir e orientar o gerenciamento dos recursos hídricos, em especial das ações autorizativas para o uso das águas e para reserva de disponibilidade hídrica;
IV – contribuir com a Diretoria de Desenvolvimento, na execução dos programas, projetos e ações pertinentes à modernização do licenciamento ambiental, da gestão florestal e da gestão de recursos hídricos;
V – contribuir para a formulação das propostas do IMASUL visando à incorporação de Projetos Ambientais ao Plano Plurianual, à Lei de Diretrizes Orçamentárias e à Lei Orçamentária;
VI – representar o IMASUL quando designado expressamente em suas respectivas jurisdições e executar os programas e projetos determinados pelo Diretor-Presidente do Instituto.