De acordo com a Lei 9.985/2000, um dos principais instrumentos de gestão das Unidades de Conservação é o Conselho Gestor. Presidido pelo órgão responsável pela unidade de conservação, estes conselhos devem ser constituídos por representantes dos órgãos públicos e de organizações da sociedade civil, fortalecendo o conceito de Gestão Participativa em Unidades de Conservação, discutindo e decidindo a gestão necessária à conservação e também à utilização desses espaços protegidos.
As UCs de Proteção Integral terão conselho Consultivo e as de Uso Sustentável poderão ter conselho Consultivo ou Deliberativo, dependendo da categoria de UC, sempre presididos pelo órgão responsável, conforme artigo 17 do Decreto 4.340/02.
I – Elaborar o seu regimento interno, no prazo de 90 (noventa) dias, contados da sua instalação;
II – Acompanhar a elaboração, implementação e revisão do Plano de Manejo da UC, quando couber, garantindo o seu caráter participativo;
III – Buscar a integração da UC com as demais unidades e espaços territoriais especialmente protegidos e com seu entorno;
IV – Esforçar-se para compatibilizar os interesses dos diversos atores segmentos sociais relacionados com a unidade;
V – Avaliar o orçamento da unidade e o relatório financeiro anual elaborado pelo órgão executor em relação aos objetivos da unidade de conservação;
VI – Opinar, no caso de conselho consultivo, ou ratificar, no caso de conselho deliberativo, a contratação e os dispositivos do termo de parceria, na hipótese de gestão compartilhada da unidade;
VII – Acompanhar a gestão por OSCIP e recomendar a rescisão do Termo de Parceria, quando constatada irregularidade;
VIII – Manifestar-se sobre obra ou atividade potencialmente causadora de impacto na unidade de conservação, em sua zona de amortecimento, mosaicos ou corredores ecológicos;
IX – Propor diretrizes e ações para compatibilizar, integrar e otimizar a relação com a população do entorno ou do interior da unidade, conforme o caso.