A quantidade de água em subsuperfície é determinada pela recarga proveniente da precipitação e por algumas características do substrato rochoso e das estruturas geológicas, como a porosidade, desta forma a geologia é determinante na definição dos aquíferos de uma região e de suas disponibilidades hídricas.
Foram definidos, no Plano Estadual de Recursos Hídricos, oito sistemas aquíferos para o Estado: os aquíferos porosos são o Cenozóico (SAC), Bauru (SAB), Guarani (SAG), Aquidauana-Ponta Grossa (SAAP) e Furnas(SAF). Os aquíferos fraturados são o Serra Geral (SASG), Pré-cambriano calcários (SAPCC) e Pré-cambriano (SAPC).
A disponibilidade hídrica dos sistemas aquíferos do Mato Grosso do Sul, foi estimada no Plano Estadual de Recursos Hídricos, sendo que para o cálculo foram consideradas como áreas de recargas as áreas de afloramento dos respectivos aquíferos e a precipitação média anual na área de recarga do aquífero e sua taxa de infiltração. Foram consideradas as seguintes taxas de infiltração:
Para a estimativa da disponibilidade hídrica serão considerados os valores de recarga direta (RD) estimados para áreas de afloramento nas regiões hidrográficas. A RD corresponde á parcela da precipitação pluviométrica média anual que infiltra e efetivamente chega aos aquíferos, constituindo assim a reserva renovável ou reguladora.
A reserva explotável estimada (RE) corresponde ao percentual da reserva potencial direta (RD) indicada pelo Coeficiente de Sustentabilidade (CS). O CS corresponde ao percentual da RD que poderá ser explotada de forma sustentável, considerado como 20% ou 0,2 da reserva renovável.
Para emissão da outorga de direito de uso dos Recursos Hídricos subterrâneos será utilizada a metodologia utilizada no Plano Estadual de Recursos Hídricos. Os valores outorgados serão descontados do volume total das Reserva Explotável anuais para cada aquífero.